2番目に大切な女王蜂の機能は，数種のフェロモンの分泌で，この化学物質がミツバチコロニーをまとめ，協働してそれぞれの役割を果たすべく動かす，社会を束ねる働きを持っています．
”女王物質”とも呼ばれる主要なフェロモンは， 大顎腺から分泌されますが，他にも重要なフェロモンを女王蜂は出しています．
ミツバチコロニーの質は女王蜂の産卵能力と化学物質フェロモンの生産力で決まり，彼女の遺伝的資質と，交尾した雄蜂の資質をあわせて，それらがおもに蜂群の品質，大きさ，気性の善し悪しを決定します．
王台から生まれて約1週間後に新女王は巣から飛び立ち，雄蜂が集まる場所（DCA）に行って，飛行しながら数匹の雄と交尾します．これを交尾飛行と呼びます．近親交配を避ける自然の摂理で，女王は自群から一定距離離れた場所まで飛んでいく事になるため，巣から飛び立つとまず巣の上空で旋回して，その場所を記憶します．そしてDCAめざして一匹だけで飛んでいき，10数分後に覚えておいた自分の巣に帰ってきます．交尾飛行は普通天気の良いあたたかな午後に行われ，上空で旋回しながら7～15匹の雄蜂と交尾します．雄蜂は女王蜂の出すフェロモンを嗅ぎつけて女王を見つけ，後を追います．悪天候が続き交尾飛行が20日以上できないと交尾能力がおとろえ，無精卵しかうめなくなります．こうなると雄蜂しか生まれないので，コロニーは危機に陥ります．
無事に交尾飛行から戻ると，女王蜂は48時間後に産卵を開始します．貯精嚢から少し精子を放出して産卵時に受精させると，その卵はやがて雌の働き蜂か女王蜂に成長．ややサイズが大きい雄蜂用の巣房には，受精なしで無精卵をうみます．女王蜂のまわりにはいつも働き蜂がいて，タンパク源であるローヤルゼリーを給餌．女王蜂がどれだけ多く産卵できるかは，働き蜂の機動力次第です．つまり彼女にローヤルゼリーをどれだけ提供できるか，働き蜂が準備できる産卵巣房の数，それと産卵から3日後に生まれる幼虫の育児にどれだけ携われるか，これらの仕事を働き蜂がこなしていく能力が高ければそれだけ，女王蜂の産卵数も大きくなるわけです．女王蜂がフェロモンを十分に分泌できなくなると，それを察知した働き蜂は女王蜂の交代準備をはじめます．新しい女王が出房したときには古い女王とその娘である新女王が2匹同時に巣の中にいるわけです．
写真は西オーストラリアの大規模養蜂家所有の蜂群運搬車．遠くの蜂場でミツバチが飲む水用の大型タンクも装備．